Based on

TV-serier som Stargate Atlantis (2004)

Med de gamles by Atlantis opdaget i Pegasus Galaxy af Stargate Command, leder Dr. Elizabeth Weir og Major Sheppard en videnskabelig ekspedition til den gamle forladte by. Når de først er der, finder holdet ikke blot, at de ikke er i stand til at kontakte Jorden, men deres udforskninger vækker uventet de gamles dødbringende fjender, The Wraith, som hungrer efter dette nye bytte. Nu med hjælp fra nyfundne lokale allierede som Teyla Emmagan, går Atlantis-teamet i gang med at afsløre deres nye hjems hemmeligheder, selv når deres overlevelseskrig mod Wraith begynder.