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Os acontecimentos em Stargate Atlantis seguem-se ao episódio final Lost City da sétima temporada de Stargate SG-1, no qual a equipa SG-1 encontrou um posto avançado na Antártida construí­do por uma raça conhecida como os Antigos (os Anciões). Com os desdobramentos em New Order, episódio inicial da oitava temporada de Stargate SG-1, o Comando Stargate envia uma equipa internacional para investigar o posto. O Dr. Jackson descobre a localização da mais grandiosa cidade criada pelos Antigos: Atlântida. A nova série acompanha as aventuras de um grupo de cientistas e militares que embarcam numa viagem sem volta para aquela cidade, na Galáxia Pégasus. Da mesma maneira que as equipas SG de Stargate SG-1, o uso, pela nova equipa, do Stargate coloca a humanidade em contacto com outras culturas, algumas humanas, outras aliení­genas, algumas amigáveis, outras profundamente hostis, como os Wraith.